W budynku adaptowanego w 1871r. roku na cele muzealne późnogotyckiego klasztoru franciszkanów, kryją się zbiory Działu Sztuki Dawnej muzeum.

Możemy podziwiać tu malarstwo gdańskie, polskie i flamandzkie, a także meble gdańskie i północnoeuropejskie oraz wyroby ceramiczne i złotnicze. Bez wątpienia najbardziej znanym eksponatem muzeum jest słynny tryptyk Hansa Memlinga „Sąd Ostateczny” uznawany za najwspanialsze dzieło artysty. Zrabowany i podarowany w XV wieku kościołowi Mariackiemu przez gdańskiego kapra, kapitana Paula Benecke.

Muzeum Narodowe, które dziedziczy zbiory i tradycje Muzeum Miejskiego i Muzeum Rzemiosł Artystycznych, należy do najstarszych w Polsce.