Brama z trzema przejazdami w przyziemiu, odwołuje się symboliką do bramy triumfalnej, a jej forma architektoniczna jest przykładem niderlandzkiego stylu, który nadał miastu charakterystyczne piękno. Wykonana z drobnej amsterdamskiej cegły ozdobiona jest niemal dwustoma płaskorzeźbami mającym demonstrować znaczenie miasta.

Wewnątrz mieściła się waga miejska oraz siedziba straży miejskiej i straży nocnej. Całą drugą kondygnację zajmowała największa komnata w ówczesnej Rzeczpospolitej - Wielka Sala, która służyła do celów publicznych (organizacja uroczystości, festynów, biesiad, loterii czy przedstawień teatralnych).

W XVI wieku pałacową Bramę Zieloną przeznaczono na rezydencję królewską, ale odwiedzający Gdańsk królowie wybierali przytulniejsze kwatery w prywatnych domach. Swoje reprezentacyjne funkcje pełniła tylko raz, gdy zatrzymała się tu Ludwika Maria Gonzaga w drodze na ślub z Władysławem IV. Od XIX wieku mieściło się tutaj Muzeum Przyrodnicze i Prehistoryczne, którego założycielem był uznawany za ojca europejskich parków narodowych Hugo Conwentz.

Obecnie, jako jeden z obiektów Muzeum Narodowego, Zielona Brama jest miejscem wielu wystaw.