W prezbiterium znajduje się epitafium i grób słynnego astronoma Jana Heweliusza. W świątyni posługują duchowni, których zakon wywodzi się z Ziemi Świętej. Kościół św. Katarzyny to najstarszy kościół parafialny Starego Miasta, wzniesiony z fundacji książąt gdańsko–pomorskich. Sądy sprawował w nim król Władysław Łokietek.

Kościół wyróżnia zamontowany na wieży karylion, czyli zespól pięćdziesięciu grających dzwonów oraz jedyne w Polsce Muzeum Zegarów Wieżowych. Zobaczyć można w nim m.in. powstały w 2011r. gdański zegar pulsarowy - najdokładniejszy zegar na świecie.